A página mais brilhante da história do Slovan Bratislava surgiu na época de 1968-69, em que uma vitória por 3-2 na final frente ao Barcelona valeu a conquista da Taça das Taças. Mas para além desta vitória, muitas outras enriquecem o palmarés deste clube: 4 vitórias nas seis edições do campeonato eslovaco entre 1939 e 1944, 8 campeonatos checoslovacos entre 1945 e 1992 (incluindo o último), e mais 4 títulos de campeão eslovaco desde a independência, em 1993. Mas o último destes títulos surgiu em 1999 (quando o clube também venceu a Taça) e a partir daí os resultados nunca mais apareceram.Este declínio culminou com a descida à 2ª liga em 2004. Após uma época no segundo escalão, o Slovan voltou ao convívio dos grandes e acabou o campeonato em 3º lugar, o que lhe permitiu participar na Taça Intertoto no passado Verão, onde após ter ultrapassado o Differdange, do Luxemburgo, com duas vitórias (2-0 e 3-0), não resistiu ao Rapid Viena, com uma derrota por 1-3 na Áustria, depois do 1-0 em casa.
Esta época não está a correr tão bem, e o Slovan (7º) já não tem hipóteses de se aproximar dos primeiros lugares, com 24 pontos em 18 jogos, a 8 pontos do 3º (Spartak Trnava) e a 20 do 1º (Zilina), num campeonato com 12 equipas.
A forma do Slovan reflecte também a do futebol eslovaco, afastado dos palcos principais do futebol europeu e mundial. As competições europeias de clubes estão organizadas de modo a que seja sempre o mesmo conjunto de equipas a chegar à fase decisiva da Liga dos Campeões, deixando as equipas menos representativas desses mesmos países a discutir a vitória na Taça UEFA. Há-de chegar o dia em que um Inter - Barcelona não terá grande interesse, nem audiências fora dos países de origem, mas aí já não haverá o outro futebol para o salvar.
